農產品之輸出檢疫係配合輸入國政府要求之檢疫條件辦理。本署執行輸出檢疫之法源為「動物傳染病防治條例」第32條、第36條及「植物防疫檢疫法」第20條規定:
- 輸出動植物或動植物產品,輸入國要求提出檢疫證明者,輸出人得申請動植物檢疫機關檢疫,經動植物檢疫機關實施檢疫後,得發給證明。
- 動植物或動植物產品因各輸入國檢疫規定不同,如應輸入國要求加註檢疫條件者,輸出業者應事先申請核准,經臨場檢疫合格後,且符合輸入國檢疫要求者,方可加註於輸出動植物檢疫證明書。
- 輸出動植物或動植物產品屬於輸入國管制輸入者,須持有輸入國相關主管機關核准之輸入證明文件,始得申報檢疫。
輸入國無動植物檢疫規定者,得免辦輸出檢疫。目前僅輸往香港及新加坡的鮮果、蔬菜及切花,未實施植物檢疫。