針對媒體報導羊農質疑羊痘疫苗有問題造成小羊夭折率高乙事，行政院農業委員會動植物防疫檢疫局（簡稱防檢局）嚴正指出，我國目前使用之羊痘疫苗安全有效，母羊流產與羊痘疫苗無關。
防檢局表示，去年6月起全國養羊場使用疫苗以來，從無因羊痘疫苗導致母羊流死產案例，至於養羊場母羊流死產病例，經證實係與羊其他流產疾病有關，各案例經實驗室檢驗結果，病因包括如下：羊關節炎腦炎、Q熱、披衣菌症以及羊痘野外毒。羊痘疫苗無法防止山羊關節炎腦炎、Q熱、披衣菌症，但確可預防除羊痘發生以及羊痘野外毒所致的流產。對於該報導未經科學性求證而引用流言諸如「羊痘疫苗未完全馴化」等說法，偏離事實，因事關重大，防檢局特予以澄清與說明，以免羊痘疫苗效能受到誤導而不利羊痘整體防疫工作。
防檢局指出，經該局與養羊團體查證，中華民國養羊協會理事長表示，依各地產業團體代表觀察結果，目前仔羊育成率與歷年水準相同，並無大規模死亡情形發生，亦未曾發表施打疫苗業造成仔羊死亡率逾5成之談話。至於有關桃園縣某養羊場流死產案例，業經專家至場臨床檢查2次以及所採樣品檢驗結果，亦排除羊痘疫苗所造成，將依鑑定病因協助該場進行正確的防治。
羊痘疫苗經畜衛所層層安全效力確認 歷經全面使用證明安全有效
　　防檢局強調，去年5月3日引入疫苗樣品後，即由行政院農業委員會家畜衛生試驗所總所（以下簡稱畜衛所）執行疫苗安全、效力與田間試驗，試驗對象除一般山羊外，特別包括懷孕母羊，並於同年6月22日完成最嚴苛的實驗證實疫苗安全有效，方於各縣市政府全面推動各養羊戶羊隻羊痘疫苗注射工作。迄今全台注射頭數達23萬餘頭，包含懷孕母羊，至今證實羊痘疫苗安全無虞，且保護效果絕佳，迅速將羊痘疫情控制，獲得廣大養羊戶之信賴，羊痘疫苗業提供我國養羊產業預防羊痘的後盾。
檢驗證實羊痘疫苗與所指母羊流產無關 母羊流產鑑定病因方能提供正確防治
　　防檢局說明，自去年6月底開始施打羊痘疫苗起，即成立「因應注射羊痘疫苗工作小組」，負責任何不良反應之病因鑑定及防疫輔導，並協調各地動物防疫機關與各級養羊協會，遇有羊流死產病例，須立即通報該局聯絡前開工作小組前往調查。依據畜衛所鑑定結果，所有流死產病例均與疫苗無關，其病因包括山羊關節炎腦炎、Q熱、披衣菌症以及羊痘野外毒。而羊痘疫苗正是防範羊痘野外毒之利器，故該局呼籲，因應母羊流產首先需做好其羊痘疫苗免疫，一旦母羊發生流產，養羊戶須向所在地動物防疫機關通報，以便協助檢驗及輔導正確的防治方法。養羊戶切勿聽信流言或傳聞，造成羊場不必要的重大經濟損失。
確實配合政府推薦疫苗使用時機，可有效預防與杜絕羊痘
　　防檢局再次強調，羊痘疫苗確實安全可靠，無論懷孕母羊或未懷孕母羊均可安心施打，不會有安全上的疑慮。惟從去年全面緊急施打疫苗以來，正進入一般防疫期，養羊戶須依據所目前推薦疫苗使用時機作好羊痘疫苗免疫工作。對成羊而言，每年補強免疫乙次，母羊最佳的補強免疫時機可利用空胎期時間，可方便獸醫師執行疫苗注射工作，同時避免疫苗免疫操作過程對懷孕母羊的衝撞及緊迫。
維護產業生產安全 養羊戶須落實羊隻疫苗注射
　　防檢局最後強調，目前羊痘疫情雖已獲得控制，但養羊戶不可掉以輕心，該局表示羊痘防疫策略未有改變，落實有效疫苗之注射，提供羊隻抗體保護，方能防範羊痘發生及避免損失。養羊戶仍須執行自主羊隻健康觀察，及早於第一時間發現並通報疑似病例，有利於所在地動物防疫機關適時處置疫情。該局再次呼籲，請養羊戶確實依所在地縣市政府公告執行羊隻疫苗注射，共同維護羊隻生產安全，該局亦將請縣市政府加強取締，違者依「動物傳染病防治條例」第45條規定，處新臺幣1萬元以上5萬元以下罰鍰。