為增進與重要貿易夥伴國如美、加、日、紐、澳與歐盟等國家或地區之農產品流通貿易,我國積極與該等國家建立良好定期或不定期雙邊諮商管道,俾能討論與解決雙方關切農產品輸出入檢疫措施,爭取我農業在目標市場之防檢疫權益與空間;並促進雙邊防檢疫技術交流合作,以保護國內農業生產環境。歷年來促進我飸優質農產品如蘭花、芒果等農產品突破檢疫障礙,順利輸銷國際市場,成效卓著。
此外,配合我國積極爭取加入「跨太平洋夥伴全面進步協定(CPTPP )」、「區域全面經濟夥伴協定(RCEP)」以及洽簽其他自由貿易協定政策,動植物防疫檢疫業務一方面將面對農產品開放進口增加之疫病害蟲入侵風險、自由化競爭以及確保農業生產與生態環境安全之挑戰,另一方面也可享有締約方給予之優惠待遇、同等效力認可、技術合作與資訊分享等,有助突破防檢疫障礙,係拓展我農產品外銷市場之絕佳契機,亦可藉該等協定架構平台推動我國參與相關國際組織之機會,以及建立具相同利益重要國際議題之聯合立場,增加集團影響力同時於國際場域確保我國權益。