為落實「臺澳農業與農企業合作備忘錄」之執行,建立良好互動及合作平台,解決農產品貿易問題,首屆臺澳農業工作小組會議於2004年在農業部舉行,往後輪流在澳洲及我國召開。本署參與本工作小組會議之檢疫議題如我國蘭花、番石榴、楊桃、鮮棗、東方梨、鳳梨及活動物與相關產品輸澳等案。