民國八十六年三月國內極可能因走私進口之大陸畜產品挾帶口蹄疫病原，致台灣全島爆發口蹄疫，不僅造成養豬業者相關產業之鉅大經濟損失，對社會亦造成相當的影響，故杜絕走私進口動物及其產品帶來疫病的風險極為重要。
我國為牛瘟、牛傳染接觸性胸膜肺炎及非洲豬瘟等國外惡性動物傳染病非疫區，然鄰近國家尚屬重大動物疫病之疫區，為維持我國之非疫區優勢，對走私動物及其產品案件必須儘速處理，以避免疫病傳入的可能性。
為防止外來惡性動物傳染病之入侵，動植物防疫檢疫署除依據動物傳染病防治條例、動物及動物產品輸入檢疫條件、走私沒入動物及其產品處理作業程序、動物及其產品進出金門馬祖地區檢查規則及其他相關檢疫規定執行檢疫極檢查工作外，並配合查緝機關財政部關務署、行政院海岸巡防署、內政部警政署等加強走私查緝；另為防範可能挾帶惡性動物傳染病病原體與家畜有接觸的機會，凡緝獲或沒入移交之動物及其產品委託雲林動植物防疫所、澎湖縣家畜疾病防治所、金門縣動植物防疫所及連江縣政府辦理台灣本島、澎湖、金門、馬祖等地區走私動物及其產品銷燬處理工作，包括動物及其產品提領、採樣、運送、消毒、化製、銷燬等，以及時清除走私產品。

而為妥善辦理亦請緝獲走私所在地本署轄區分署、縣市政府或動物防疫等機關協助處理。在處理走私動物及其產品之過程中所採集之樣本，則送請農業部獸醫研究所暨國內學術研究機關協助進行高病原性家禽流行性感冒、口蹄疫、狂犬病等重要動物疫病之檢驗，目的在以掌握國內外疫情，予以追蹤與監控。

走私動物及其產品處理作業程序

111 年 11 月 15 日廢止走私沒入動物及其產品處理作業程序