面對國際上區域經濟整合的風潮,為了避免被邊陲化,也避免成為其他區域整合貿易被轉向的目標,因此與特定貿易夥伴展開自由貿易協商,進而簽署區域自由貿易協定(Free Trade Agreement, FTA),是目前我國重要的經貿政策之一。藉由與他國簽署自由貿易協定,可消除彼此間的關稅、非關稅與相互投資障礙,享受自由化所帶來的利益及機會。防檢署積極配合經濟部推動與友邦簽署FTA之談判會議,以建立與友邦國家更緊密之貿易關係,所涉及檢疫相關議題之諮商談判係由防檢署主談。
目前已生效協定有:
- 臺巴(巴拿馬)自由貿易協定FTA(2004年1月1日生效)
- 臺瓜(瓜地馬拉)自由貿易協定FTA(2006年7月1日生效)
- 臺紐經濟合作協定ANZTEC(2013年12月1日生效)
- 臺星經濟夥伴協定ASTEP(2014年4月19日生效)
- 臺巴(巴拉圭)經濟合作協定ECA(2018年2月28日生效)
- 臺史(史瓦帝尼)經濟合作協定ECA(2018年12月27日生效)
- 臺貝(貝里斯)經濟合作協定ECA(2022年1月15日生效)
- 臺馬(馬紹爾)經濟合作協定ECA(2025年1月15日生效)

